復合微生物肥料和生物有機肥的生產工藝基本相似，添加無機養分的部分和有機無機復混肥料的生產工藝相同，只是在烘干溫度上存在差異。同時采用的微生物菌種要具有較高的耐受性，否則在高濃度的無機養分下很難存貨。某種意義上講，復合微生物肥料是生物有機肥和有機-無機復混肥生產工藝的結合體。圖7-7為粉狀符合微生物肥料的生產工藝流程圖，圖7-8為顆粒狀符合微生物肥料的生產工藝流程圖，由于在造粒和烘干環節會造成部分功能微生物死亡，當活菌數不能滿足產品質量要求時，就需要在造粒過程或篩分計量系統再次添加生物菌劑，以保證最終產品中的功能微生物活菌數等滿足質量和技術指標的要求。